Принцип биологической фильтрации основан на очищении отработанного воздуха, в котором содержатся летучие органические соединения и неприятные запахи, методом микробиологического распада. Благодаря микроорганизмам, выполняющим роль расщепителей, вредные вещества разлагаются на двуокись углерода и воду. Такими микроорганизмами могут выступать различные грибы и бактерии.
Чтобы микроорганизмы справлялись со своей основной задачей по превращению вредной органики в безобидные продукты, поступающие с воздухом вредные вещества должны перейти из газообразного состояния в жидкое, ведь именно вода является жизненным пространством микроорганизмов.